Berlin – Bir görüş belgesinde uzmanlar, patojenlerin genomik izlenmesi için bir ağ kurulması çağrısında bulunuyor. Genomik patojen sürveyansı (GES), COVID-19 salgını sırasında zaten yürürlükteydi. GenSurv’daki (Genomic Pathogen Surveillance and Translational Research) araştırmacılar, daha iyi ağ oluşturmanın gelecekteki pandemileri daha erken bir aşamada kontrol altına almaya yardımcı olacağını ve ayrıca grip veya çoklu dirençli mikroplar gibi bilinen patojenlerin daha iyi anlaşılmasını sağlayacağını umuyor.
GenSurV, Üniversite Tıp Ağı (NUM), Robert Koch Enstitüsü (RKI), Halk Sağlığı Servisi (ÖGD) ve diğer araştırma kurum ve kuruluşlarının bir projesidir ve Eğitim ve Araştırma Bakanlığı (BMBF) tarafından finanse edilmektedir.
Tüm uzman grubunu temsil eden GenSurV’den Sabine Scheithauer, genomik patojen sürveyansının tam olarak ne olduğunu ve böyle bir ağın sağlık hizmetlerini nasıl iyileştirebileceğini açıkladı. Alman Tıp Dergisi bildirildi.
Simone Scheithauer / Stefan Kimmel, fsk fotoğrafçılığı
Hastaneler Enstitüsü Direktörü Simone Scheithauer için 5 soruhijyen ve enfeksiyonbilim Üniversite Tıp Goettingen
Genomik patojen sürveyansı terimini açıklayabilir misiniz?
Simon Scheithauer: Genomik patojen sürveyansında (GES), direnç veya virülans genleri gibi temel genetik özellikleri görünür kılmak için tüm genomun bilgi içeriği insan patojenleri (örn. SARS-CoV-2 virüsü veya antibiyotiğe dirençli patojenler) tarafından belirlenir. . SARS-CoV-2 için solunum materyalinden patojen verilerini kullandık.
Patojene bağlı olarak, patojen genomları teşhis açısından ilgili tüm materyallerden elde edilebilir: örneğin kan kültürleri, yara sürüntüleri, idrar. Hasta materyaline ek olarak, atık su gibi başka materyallerde veya endoskoplar gibi tıbbi cihazlardan numune alınırken elde edilen materyallerde de genom dizilimi gerçekleştirilebilir.
Bu verilerin ve toplama zamanı ve yeri gibi diğer epidemiyolojik bilgilerin yardımıyla, belirli patojen varyantlarının yerel, bölgesel veya (uluslararası)yayılıp yayılmadığını ve bunların hastalığın ciddiyeti ile nasıl ilişkili olduğunu anlamak mümkündür. örnek. Bu bilgi daha sonra belirli varyantların yayılmasını kontrol altına almak için daha hedefli karşı önlemler için kullanılabilir.
Ek olarak, gerekirse, aşı geliştirme ile ilgili özellikler erken bir aşamada çıkarılabilir ve kullanılabilir. GES’in özü, gerektiğinde güncel verilere sahip olmak için sürekli/sürekli ve ileriye dönük olarak yürütülmesidir. GES ekibi tarafından cevaplanması gereken zorluklardan biri, önemli soruların cevaplanabilmesi için GES tarafından hangi patojenlere öncelik verilmesi gerektiği ve türüne ve duruma bağlı olarak kaç patojene ihtiyaç duyulduğudur.
Böyle bir genomik patojen sürveyansı, gelecekteki bir pandemide COVID-19 pandemisinden nasıl farklı çalışır?
Scheithauer: Gelecekteki bir pandemi durumunda, GES için ulusal bir ağ kurarak ve genişleterek, patojen genomları, bunların oluşumu ve dağılımı hakkında veriler toplanabilir ve erken bir aşamada kullanılabilir hale getirilebilir. Ayrıca GES, bir salgın yayılma başlangıcının daha iyi tespit edilmesini ve böylece bulaşma yolları hakkında doğrudan bilgi alınmasını da mümkün kılıyor.
Gerçek zamanlı veriler elde edilir edilmez, örneğin reseptör üzerindeki mutasyonlar bulaşmacanlılık, yani uyarılabilirlik hemen belirlenebilir. Yeni virüs dizileri ile mevcut aşıların etkinliği üzerindeki olası etkiler de erken bir aşamada belirlenebilir ve genomik veriler aşıların daha da geliştirilmesi için kullanılabilir. Toplam popülasyondaki mutasyon birikimlerine yönelik araştırmalar, yeni varyantların yayılmasının çok erken belirtilerini sağlayabilir.
Ek olarak, örneğin acil serviste SARS-CoV-2’ye karşı hangi monoklonal antikorların kullanılıp kullanılmayacağına karar vermek için bölgesel olarak baskın virüs varyantlarının gerçek zamanlı olarak kesin olarak bilinmesi önemlidir. Tüm bunlar, daha hedefli (önleyici) önlemlerin başlatılmasını mümkün kılar. Bu, değerli zamandan tasarruf sağlayabilir ve yayılma ve buna bağlı enfeksiyonlar, olası ölümler veya diğer sosyal sonuçlar erken bir aşamada kontrol altına alınabilir.
Yeni bir patojenin neden olduğu bir pandemiden bağımsız olarak bile, GES değerli bir araçtır. Örneğin, sürveyans sistemlerinin (“radar”) ve önleyici tedbirlerin bilgilendirici değerini optimize etmek için grip virüslerinin veya çoklu dirençli bakteriyel patojenlerin, özellikle karbapenem dirençli Enterobakterlerin evrimi ve bulaşmasının daha iyi anlaşılmasını sağlayabilir.
Çoklu dirençli bakteriyel patojenler söz konusu olduğunda, hangi direnç genlerinin mevcut olduğu ve bu nedenle hangi antibiyotiklerin terapötik olarak etkili olmadığı veya muhtemelen etkili olmadığı erken bir aşamada belirlenebilir. Başka bir güncel örnek vermek gerekirse, GES, solunum sinsityal virüsüne karşı olası bir aşı ile ilgili olarak olası aşılama kaçışlarının zamanında tespitini destekleyebilir.
Makalenizde mevcut yapıların kullanılması ve diğerlerinin oluşturulması gerektiğini yazıyorsunuz. Almanya’da hangi mevcut yapılar kullanılmalı? Hangilerinin yaratılması gerekir?
Scheithauer: Almanya’da, elbette, halihazırda oluşturulmuş olan tüm yapılar kullanılmalı ve mümkün olan en iyi şekilde geliştirilmelidir. İlk bahsedilenler, entegre genomik sürveyansın bir parçası olarak Robert Koch Enstitüsü (RKI) tarafından başlatılan yapılardır, ancak elbette aynı zamanda Network University Medicine (NUM) aracılığıyla GenSurv’da oluşturulan genomik patojen sürveyansı da vardır.
Bu iki yapı zaten yakın bir şekilde birlikte çalışmaktadır. Ağ temelde açıktır ve üniversite hastaneleri ve laboratuvarlar gibi diğer önemli paydaşları içerecek şekilde genişletilebilir. Çoğu durumda, ÖGD’deki laboratuvarların yanı sıra üniversite ve özel laboratuvarlar zaten teknik donanıma ve genom dizilimi gerçekleştirme yeteneğine sahiptir. Önemli olan ve henüz her yerde bulunmayan şey, hangi patojenlerin ne zaman ve nasıl ve nasıl analiz edileceğini tanımlayan yapılandırılmış bir prosedürdür ve gerekli sonuçlara varabilmek için bu verilerin kapsamlı bir şekilde birleştirilebilmesidir.
MolTraX’te (Yerel Halk Sağlığı Otoriteleri için Molecular Surveillance and Infection Chain Tracing NUM) zaten başlatıldığı gibi, ÖDG ile çeşitli düzeylerde yapılandırılmış ağ oluşturma burada çok önemlidir. MolTraX’in genel amacı, genomik sürveyansın yerel sağlık yetkilileri tarafından etkin bir şekilde kullanılmasını sağlamak ve geliştirilen sonuçları GenSurv altyapısına entegre etmektir.
SARS-CoV-2’nin GES’i ile pandemi, merkezi olmayan bir analizin Almanya’daki mevcut yapılarla çalışabileceğini göstermiştir. Bireylerin olası haklarını korurken güvenli, veri korumaya uygun veri alışverişini sağlamak için artık kapsamlı bir sistem geliştirilmelidir. Ancak o zaman sistem dahil olan herkes tarafından kabul edilebilir. Perspektif olarak, MiGenomeSurv ağı gibi insan tıbbının arayüzünde bir GES çalıştıran yapılar da tek sağlık yaklaşımı anlayışına dahil edilmelidir.
Patojen sürveyansının yapılabilmesi için Almanya’da tam olarak neyin değişmesi gerekir?
Scheithauer: Pandemi nedeniyle bu ağ için zaten bazı iyi ön koşullarımız var. Bununla birlikte, önemli olan, zaten kurulmuş olan bu kristalleşme yapısını daha da genişletmek ve siyasetle yakından koordine edilen daha fazla yapılandırılmış adımlar atmak için siyasetin açık yetkisidir. Teknik, personel ve profesyonel sürdürülebilirlik için ön koşulları garanti etmek için sürdürülebilir finansman şarttır. Böyle bir platform ancak sürekli işletilir ve kullanılırsa çalışır. Federal hükümetin, proje finansmanının olağan yöntemlerinin ötesinde, burada kalıcı olarak yer alması arzu edilir.
Ayrıca, verilerin kullanımına ilişkin açık kurallar belirlenmelidir. Diğer birçok ülkede olduğu gibi, veri koruma gereklilikleri bir orantı duygusu ile tasarlanmalıdır. Patojen sürveyansı için hassas hasta verileri kullanılmaz. Bu nedenle, mümkün olduğu kadar çok kurumun verilerini düşük bir eşikle gözetim platformuna girmesini mümkün kılmalıyız.
GES için ilk adımlar atıldı mı?
Scheithauer: Sektörler arası prototiplerin ardından, 2022 yılına kadar Federal Sağlık Bakanlığı (BMG) tarafından finanse edilen üç projede entegre genomik sürveyans zaten geliştirilmişti. patojenler arası entegre genomik sürveyans oluşturmak. NUM’da daha önce belirtilen GenSurv ve MolTraX projeleri Federal Araştırma Bakanlığı (BMBF) tarafından finanse edilmektedir.
Federal Sağlık Bakanlığı ile Federal Eğitim ve Araştırma Bakanlığı’nın ortak görevlendirmesi bu nedenle mantıklı olacaktır ve ağ oluşturmayı daha da teşvik edecektir. Bu nedenle uzmanlar grubu, geçen yılın sonunda BMG ve BMBF’ye, Almanya’da bir GES ağı kurmanın aciliyetini ve önemini vurgulayan bir beyaz kitap sundu. Her iki bakanlıktan da olumlu geri bildirimler geldi ve daha fazla bilgi alışverişi için çaba göstereceğiz.
Bir GES ağının koordinasyonu, siyasi aktörleri, üniversite kliniklerinin enfeksiyon önleme ve epidemiyoloji alanındaki beşeri tıbbi konulara ilişkin uzmanlığının yanı sıra RKI ve ülkenin halk sağlığı hizmetini dikkate alan bir grupta olmalıdır. federal eyaletler ve ayrıca özel laboratuvarlar. © mim/Haberler
GenSurV, Üniversite Tıp Ağı (NUM), Robert Koch Enstitüsü (RKI), Halk Sağlığı Servisi (ÖGD) ve diğer araştırma kurum ve kuruluşlarının bir projesidir ve Eğitim ve Araştırma Bakanlığı (BMBF) tarafından finanse edilmektedir.
Tüm uzman grubunu temsil eden GenSurV’den Sabine Scheithauer, genomik patojen sürveyansının tam olarak ne olduğunu ve böyle bir ağın sağlık hizmetlerini nasıl iyileştirebileceğini açıkladı. Alman Tıp Dergisi bildirildi.
Simone Scheithauer / Stefan Kimmel, fsk fotoğrafçılığı
Hastaneler Enstitüsü Direktörü Simone Scheithauer için 5 soruhijyen ve enfeksiyonbilim Üniversite Tıp Goettingen
Genomik patojen sürveyansı terimini açıklayabilir misiniz?
Simon Scheithauer: Genomik patojen sürveyansında (GES), direnç veya virülans genleri gibi temel genetik özellikleri görünür kılmak için tüm genomun bilgi içeriği insan patojenleri (örn. SARS-CoV-2 virüsü veya antibiyotiğe dirençli patojenler) tarafından belirlenir. . SARS-CoV-2 için solunum materyalinden patojen verilerini kullandık.
Patojene bağlı olarak, patojen genomları teşhis açısından ilgili tüm materyallerden elde edilebilir: örneğin kan kültürleri, yara sürüntüleri, idrar. Hasta materyaline ek olarak, atık su gibi başka materyallerde veya endoskoplar gibi tıbbi cihazlardan numune alınırken elde edilen materyallerde de genom dizilimi gerçekleştirilebilir.
Bu verilerin ve toplama zamanı ve yeri gibi diğer epidemiyolojik bilgilerin yardımıyla, belirli patojen varyantlarının yerel, bölgesel veya (uluslararası)yayılıp yayılmadığını ve bunların hastalığın ciddiyeti ile nasıl ilişkili olduğunu anlamak mümkündür. örnek. Bu bilgi daha sonra belirli varyantların yayılmasını kontrol altına almak için daha hedefli karşı önlemler için kullanılabilir.
Ek olarak, gerekirse, aşı geliştirme ile ilgili özellikler erken bir aşamada çıkarılabilir ve kullanılabilir. GES’in özü, gerektiğinde güncel verilere sahip olmak için sürekli/sürekli ve ileriye dönük olarak yürütülmesidir. GES ekibi tarafından cevaplanması gereken zorluklardan biri, önemli soruların cevaplanabilmesi için GES tarafından hangi patojenlere öncelik verilmesi gerektiği ve türüne ve duruma bağlı olarak kaç patojene ihtiyaç duyulduğudur.
Böyle bir genomik patojen sürveyansı, gelecekteki bir pandemide COVID-19 pandemisinden nasıl farklı çalışır?
Scheithauer: Gelecekteki bir pandemi durumunda, GES için ulusal bir ağ kurarak ve genişleterek, patojen genomları, bunların oluşumu ve dağılımı hakkında veriler toplanabilir ve erken bir aşamada kullanılabilir hale getirilebilir. Ayrıca GES, bir salgın yayılma başlangıcının daha iyi tespit edilmesini ve böylece bulaşma yolları hakkında doğrudan bilgi alınmasını da mümkün kılıyor.
Gerçek zamanlı veriler elde edilir edilmez, örneğin reseptör üzerindeki mutasyonlar bulaşmacanlılık, yani uyarılabilirlik hemen belirlenebilir. Yeni virüs dizileri ile mevcut aşıların etkinliği üzerindeki olası etkiler de erken bir aşamada belirlenebilir ve genomik veriler aşıların daha da geliştirilmesi için kullanılabilir. Toplam popülasyondaki mutasyon birikimlerine yönelik araştırmalar, yeni varyantların yayılmasının çok erken belirtilerini sağlayabilir.
Ek olarak, örneğin acil serviste SARS-CoV-2’ye karşı hangi monoklonal antikorların kullanılıp kullanılmayacağına karar vermek için bölgesel olarak baskın virüs varyantlarının gerçek zamanlı olarak kesin olarak bilinmesi önemlidir. Tüm bunlar, daha hedefli (önleyici) önlemlerin başlatılmasını mümkün kılar. Bu, değerli zamandan tasarruf sağlayabilir ve yayılma ve buna bağlı enfeksiyonlar, olası ölümler veya diğer sosyal sonuçlar erken bir aşamada kontrol altına alınabilir.
Yeni bir patojenin neden olduğu bir pandemiden bağımsız olarak bile, GES değerli bir araçtır. Örneğin, sürveyans sistemlerinin (“radar”) ve önleyici tedbirlerin bilgilendirici değerini optimize etmek için grip virüslerinin veya çoklu dirençli bakteriyel patojenlerin, özellikle karbapenem dirençli Enterobakterlerin evrimi ve bulaşmasının daha iyi anlaşılmasını sağlayabilir.
Çoklu dirençli bakteriyel patojenler söz konusu olduğunda, hangi direnç genlerinin mevcut olduğu ve bu nedenle hangi antibiyotiklerin terapötik olarak etkili olmadığı veya muhtemelen etkili olmadığı erken bir aşamada belirlenebilir. Başka bir güncel örnek vermek gerekirse, GES, solunum sinsityal virüsüne karşı olası bir aşı ile ilgili olarak olası aşılama kaçışlarının zamanında tespitini destekleyebilir.
Makalenizde mevcut yapıların kullanılması ve diğerlerinin oluşturulması gerektiğini yazıyorsunuz. Almanya’da hangi mevcut yapılar kullanılmalı? Hangilerinin yaratılması gerekir?
Scheithauer: Almanya’da, elbette, halihazırda oluşturulmuş olan tüm yapılar kullanılmalı ve mümkün olan en iyi şekilde geliştirilmelidir. İlk bahsedilenler, entegre genomik sürveyansın bir parçası olarak Robert Koch Enstitüsü (RKI) tarafından başlatılan yapılardır, ancak elbette aynı zamanda Network University Medicine (NUM) aracılığıyla GenSurv’da oluşturulan genomik patojen sürveyansı da vardır.
Bu iki yapı zaten yakın bir şekilde birlikte çalışmaktadır. Ağ temelde açıktır ve üniversite hastaneleri ve laboratuvarlar gibi diğer önemli paydaşları içerecek şekilde genişletilebilir. Çoğu durumda, ÖGD’deki laboratuvarların yanı sıra üniversite ve özel laboratuvarlar zaten teknik donanıma ve genom dizilimi gerçekleştirme yeteneğine sahiptir. Önemli olan ve henüz her yerde bulunmayan şey, hangi patojenlerin ne zaman ve nasıl ve nasıl analiz edileceğini tanımlayan yapılandırılmış bir prosedürdür ve gerekli sonuçlara varabilmek için bu verilerin kapsamlı bir şekilde birleştirilebilmesidir.
MolTraX’te (Yerel Halk Sağlığı Otoriteleri için Molecular Surveillance and Infection Chain Tracing NUM) zaten başlatıldığı gibi, ÖDG ile çeşitli düzeylerde yapılandırılmış ağ oluşturma burada çok önemlidir. MolTraX’in genel amacı, genomik sürveyansın yerel sağlık yetkilileri tarafından etkin bir şekilde kullanılmasını sağlamak ve geliştirilen sonuçları GenSurv altyapısına entegre etmektir.
SARS-CoV-2’nin GES’i ile pandemi, merkezi olmayan bir analizin Almanya’daki mevcut yapılarla çalışabileceğini göstermiştir. Bireylerin olası haklarını korurken güvenli, veri korumaya uygun veri alışverişini sağlamak için artık kapsamlı bir sistem geliştirilmelidir. Ancak o zaman sistem dahil olan herkes tarafından kabul edilebilir. Perspektif olarak, MiGenomeSurv ağı gibi insan tıbbının arayüzünde bir GES çalıştıran yapılar da tek sağlık yaklaşımı anlayışına dahil edilmelidir.
Patojen sürveyansının yapılabilmesi için Almanya’da tam olarak neyin değişmesi gerekir?
Scheithauer: Pandemi nedeniyle bu ağ için zaten bazı iyi ön koşullarımız var. Bununla birlikte, önemli olan, zaten kurulmuş olan bu kristalleşme yapısını daha da genişletmek ve siyasetle yakından koordine edilen daha fazla yapılandırılmış adımlar atmak için siyasetin açık yetkisidir. Teknik, personel ve profesyonel sürdürülebilirlik için ön koşulları garanti etmek için sürdürülebilir finansman şarttır. Böyle bir platform ancak sürekli işletilir ve kullanılırsa çalışır. Federal hükümetin, proje finansmanının olağan yöntemlerinin ötesinde, burada kalıcı olarak yer alması arzu edilir.
Ayrıca, verilerin kullanımına ilişkin açık kurallar belirlenmelidir. Diğer birçok ülkede olduğu gibi, veri koruma gereklilikleri bir orantı duygusu ile tasarlanmalıdır. Patojen sürveyansı için hassas hasta verileri kullanılmaz. Bu nedenle, mümkün olduğu kadar çok kurumun verilerini düşük bir eşikle gözetim platformuna girmesini mümkün kılmalıyız.
GES için ilk adımlar atıldı mı?
Scheithauer: Sektörler arası prototiplerin ardından, 2022 yılına kadar Federal Sağlık Bakanlığı (BMG) tarafından finanse edilen üç projede entegre genomik sürveyans zaten geliştirilmişti. patojenler arası entegre genomik sürveyans oluşturmak. NUM’da daha önce belirtilen GenSurv ve MolTraX projeleri Federal Araştırma Bakanlığı (BMBF) tarafından finanse edilmektedir.
Federal Sağlık Bakanlığı ile Federal Eğitim ve Araştırma Bakanlığı’nın ortak görevlendirmesi bu nedenle mantıklı olacaktır ve ağ oluşturmayı daha da teşvik edecektir. Bu nedenle uzmanlar grubu, geçen yılın sonunda BMG ve BMBF’ye, Almanya’da bir GES ağı kurmanın aciliyetini ve önemini vurgulayan bir beyaz kitap sundu. Her iki bakanlıktan da olumlu geri bildirimler geldi ve daha fazla bilgi alışverişi için çaba göstereceğiz.
Bir GES ağının koordinasyonu, siyasi aktörleri, üniversite kliniklerinin enfeksiyon önleme ve epidemiyoloji alanındaki beşeri tıbbi konulara ilişkin uzmanlığının yanı sıra RKI ve ülkenin halk sağlığı hizmetini dikkate alan bir grupta olmalıdır. federal eyaletler ve ayrıca özel laboratuvarlar. © mim/Haberler